El Museo Pedagógico "José Pedro Varela" de la Repúblca Oriental del Uruguay, fue fundado el 25 de enero de 1889 por don Alberto Gómez Ruano, a semejanza del Museo Pedagógico de París el que sólo tenía 10 años de creado. 

Lentamente, por catálogo, por canje, por medio de excavaciones arqueológicas que el propio Gómez Ruano realizaba, se fue incrementando el acervo del Museo, que llegó a ser modelo en América.

La función primordial que cumplía el Museo Pedagógico en su primera etapa fue servir de laboratorio a las futuras maestras que realizaban sus estudios en el Internado Normal de señoritas, que ocupaba la planta alta del edificio.

En la planta intermedia, el Museo y la Biblioteca Pedagógica para ser un instrumento en la formación del magisterio y un medio de difundir los principios, métodos y materiales de la reforma.

En la planta baja, con entrada por Colonia, la Escuela de Aplicación de Señoritas, escuela modelo de la Reforma Vareliana, en la que realizaban su práctica las alumnas del internato.